La Teoría Endosimbiótica sostiene que un organismo unicelular de tipo procariota (bacteria aerobia o Fotótrofa) ha sido engullida en un Huésped que sería una célula eucariota superior realizando Simbiosis con ella, con el tiempo y por evolución celular estas bacterias quedarían transformadas en Mitocondrias (bacterias aerobias) y en Cloroplastos (bacterias Fotótrofas), no tiene que ver con la evolución de las algas sino con la aparición de Mitocondrias y cloroplastos, los 2 organelos membranosos que se encuentran únicamente en células eucariotas poseen ADN de tipo procariota, ARN y Ribosomas dentro del mismo, pero la Teoría Endosimbiótica es mas aplicada en las Mitocondrias porque aparte de poseer 1sola molécula de ADN de tipo Procariota, ARN y Ribosomas en el lado interno de las "Crestas Mitocondriales que son proyecciones incompletas hacia la Matriz mitocondrial de la membrana interna" esta la Cadena Oxidativa, respiratoria o de transporte de electrones, esta cadena no esta en cloroplastos, entonces se cree que por evolución celular, las bacterias aerobias que habían sido incorporadas quedaron reducidas a Vestigios celulares de la misma, la presencia de ADN procariota el cual se encuentra compactado y plegado dentro de las mitocondrias y cloroplastos, la presencia de ARN, Ribosomas y mas exactamente en las mitocondrias la presencia de la Cadena Oxidativa aseguran o dan prueba que las Mitocondrias han sido el resultado de la Endosimbiosis de una bacteria aerobia con una célula superior, "el ADN de tipo procariota, los 3 tipos de ARN, los Ribosomas y la Cadena Oxidativa son elementos propios de una bacteria".
Endosimbiosis Primaria: Se llama así al evento endosimbiótico por el cual una célula eucariota ancestral se hizo fotobionte al engullir un tipo de cianobacteria que sería el ancestro de todos los cloroplastos actuales.
Endosimbiosis Secundaria: Posteriormente al evento único de endosimbiosis primaria, tuvieron lugar otros episodios de endosimbiosis que originaron nuevos linajes de fotobiontes. Pero esta vez las células protagonistas fueron ambas eucariotas: un eucariota ancestral se hacía fotobionte engullendo a otro eucariota que ya lo era a consecuencia de la endosimbiosis primaria.
Endosimbiosis Terciaria: Los dinoflagelados constituyen un variado grupo de eucariotas unicelulares, la mayoría de los cuales forman parte del fitoplancton (marino, de aguas dulces), mientras que otros son parásitos o simbiontes.
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